别墅东面窗户太多？
题主的窗，其实是一个很有意思的存在。因为从照片上看，这些窗，并不属于同一立面。所以它们实际上分别对应着不同的房间，或者说，是这一栋别墅里不同区域的空间界限。
一般来讲，我们判断一栋房子是否通透，是否会“穿堂风”，所关注的，是大面积开窗的房间和客厅等公共活动区是不是在同一层面上，而像题主这样，一部分开在一层，另一部分开在二层的房子，其实是少数情况。 这样的建筑，往往会有着一些特点来满足这种特殊情况的构造需求。就题主来说，我认为可能有两方面的考虑。
一是通风防潮，毕竟南方的回南天，和北方的沙尘暴一样出名的，还有春季连续阴雨，空气湿润，而二层又没有排烟口的问题。如果仅仅是首层开大窗，那么室内空气得不到及时排出，一层必然会变得比较潮湿。虽然可以通过安装排气扇来解决，但是排风扇的噪音以及能耗都是难以避免的问题。所以为了通风和防潮，必须在二层也开辟出大面积的窗口以便让空气流动起来。 二是采光照明，这一点自然不用多说。不过我想指出的是，由于低楼层阳光反射比高楼层更大，因此对光线敏感的人，如老人孩子，或许会更愿意生活在日照充足的二层。再加上二层空间本身相对独立，有一楼作为缓冲和遮挡，光线较之底层更加充足明亮也是符合生活逻辑的。
当然，因为缺少细节，不知道题主这栋别墅的外墙构造，所以我只能大概地从结构方面来进行分析。至于怎么改造，还是需要设计师或者业主你来结合居住需求和功能定位来决定的。